Den tidigare världsrekordhållaren Lavillenie siktar dock mot nästa års OS i Paris.
"Jag kommer att använda tiden till att ladda mina batterier – både fysiskt och mentalt – inför förberedelserna för 2024", skriver han på sociala medier.
Den 36-årige OS-medaljören från 2012 har redan haft otur 2023 då han missade inomhussäsongen med samma typ av skada.
"Min kropp tillåter mig inte att tävla i Budapest i bästa slag då smärtan i baksida lår har återvänt. Med största sorg måste jag därför dra mig ur VM", skriver fransmannen.
Med Lavillenies frånvaro blir det ytterligare en färre konkurrent för svenske stjärnan Armand Duplantis i Budapest.
Sedan tidigare står det även klart att amerikanska duon KC Lightfoot och Sam Kendricks missar VM efter att inte ha lyckats ta sig igenom de amerikanska uttagningarna.
Friidrotts-VM i Budapest avgörs 19–27 augusti.
Rättad: I en tidigare version uppgavs fel typ av skada. Rätt är att det gäller baksida lår.