Blågult är ett steg närmare EM-slutspelet Polen nästa år. Krysset på Gradski Stadion säkrades efter en mycket bra svensk insats.
Håkan Ericson som bland annat fått sena återbud från Gustav Engvall och Simon Tibbling satsade på en startelva med en stark Norrköpingsprägel.
I backlinjen fanns Linus Wahlqvist och Filip Dagerstål debuterade i U21-sammanhang med en strålande insats som mittback. På mitten bar Kristoffer Olsson kaptensbindeln och på ena kanten startade David Moberg Karlsson.
Dessutom spelade Muamer Tankovic som en av två svenska forwards. Gruppettan Kroatien fick slita.
Även om hemmalaget hade mest boll var det Sverige som skapade de farligaste chanserna. Tankovic och Moberg Karlsson testade båda två den kroatiske keepern men det var mållöst i paus. När dödläget bröts var det stekhete Pawel Cibicki som drog dit bollen i nättaket. Sverige kontrollerade matchen men började att gå på knäna och kvitteringen kom genom Stipe Perica som utnyttjade ett elegant instick mellan Filip Dagerstål och Franz Brorsson som ersatte en skadad Jacob Une Larsson.
Det var en nöjd förbundskapten som kunde andas ut efter ett par svettiga slutminuter då Kroatien gasade och öste på för en seger.
– Första delen av matchen är Kroatien väldigt bra och de tar oss på ork i slutet. Men vi har en period i slutet av första och stor del av andra där vi kan avgöra matchen, säger förbundskapten Håkan Ericson och till TV12.
Med en rad spelare borta tvingades Ericson att ställa ett nytt och på många positioner oprövat lag på benen.
– Jag är jäkligt glad och stolt över att ett så här nykomponerat lag kan ge Kroatien en sådan här match på bortaplan. Vi ser till att hålla fortsatt liv i denna kvalgrupp, konstaterar Ericson.
Linus Wahlqvist och Filip Dagerstål spelade hela matchen medan David Moberg Karlsson byttes ut efter en timme.
– Det är en svår bortamatch. Vi visste om att de skulle ha mycket boll men det ger oss mycket yta att ställa om på, säger David Moberg Karlsson till TV12 innan han satte av mot omklädningsrummet i halvtid.
Sverige är tillbaka i spel i kvalgruppen på måndag. Då väntar en ny spännande och viktig match mot Spanien.
Den kommer att spelas på Swedbank Stadion i Malmö. Efter det har Sverige kvar att möta: Estland borta och Kroatien hemma.