Gästerna vann med 3–2 efter att ha vänt ett tidigt 0–2-underläge.
Messi spelade hela matchen i sin avskedsföreställning och förblev mållös. Före avspark publicerade Messi ett uttalande där han tackade för sina två år i Paris.
"Tack till klubben, till staden och dess invånare. Jag önskar alla allt det bästa i framtiden."
Argentinaren har inte gjort klart med någon ny klubb, men enligt uppgifter i flera medier kommer han fortsätta karriären i Saudiarabien.
I Reims spelade Jens Cajuste 77 minuter då det blev 1–3 mot Montpellier, samtidigt som Lilles Gabriel Gudmundsson blev utbytt i halvtid i 1–1-mötet med Troyes. Amin Sarr fick en kvart på planen då hans Lyon 1–3-föll mot Nice.