Det skriver Karlssons klubblag, Serie A-laget Bologna, på sin webbplats. Enligt klubben har svensken drabbats av en ledbandsskada.
Karlsson har lämnat återbud till den kommande landslagssamlingen med Sverige.
"Tråkigt för Jesper och tråkigt för oss och vi hoppas han får en snabb rehabilitering", säger förbundskapten Janne Andersson i ett uttalande.
Någon ersättare kallas inte in.
Blågult avrundar EM-kvalet, där man redan missat avancemang, med matcher mot Azerbajdzjan den 16 november och Estland tre dagar senare.
25-årige Karlsson imponerade stort i senaste landskampen på hemmaplan då han gjorde två mål i träningsmatchen mot Moldavien. Totalt har det blivit fem mål på 14 landskamper.