Nu ska klubben böta över 200 000 euro, motsvarande cirka 2,2 miljoner kronor.
Dessutom ska den tyska mästarklubben betala omkring 45 000 euro i obetalda sociala avgifter, skriver den bayerska tullen i ett uttalande.
Mellan 2016 och 2021 underbetalade klubben anställa på ungdomsanläggningen genom att skriva kontrakt på färre timmar än de arbetade.
"Klubben betalade inte ut minimilön på ungdomsanläggningen den driver", skriver tullen i uttalandet.
Bayern München skriver i ett pressmeddelande att det inte var meningen att underbetala de anställda.
Bayern München omsätter omkring 7 miljarder kronor per år och är den tredje rikaste klubben i världen.