Den spanska jätten fick nöja sig med en fjärdeplats efter dubbla förluster.
Final Four avgjordes i Istanbul, Turkiet, i år och Real tog sin an Fenerbahçe i fredagens semifinal.
Laget hamnade tidigt i underläge och trots tappra försöka att ta sig tillbaka i matchen blev det till sist förlust med 75–84.
På söndagen väntade sedan match om tredjepris mot CSKA Moskva, men även där fick Real det tufft.
Den ryska storklubben vann med klara 94–70.
Jeffery stod för tre poäng mot Fenerbahçe och åtta mot Moskva.
Basketstjärnan från Norrköping får nu rikta in sig på slutspelet i spanska ligan istället där Madrid möter Morabanc Andorra i kvartsfinalen. Den första matchen spelas redan i morgon.
Vilka tog hem titeln i Euro League då? Fenerbahçe. Turkarna slog grekiska Olympiakos med 80–64 i finalen.