Detta har "fruktansvärd inverkan" på insatser för att förbättra situationen i Taiwan och det globala hälsoläget, enligt hälsominister Hsueh Jui-Yuan.
Hans utspel gjordes vid ett pressmöte i Genève i Schweiz där WHO:s högkvarter är beläget.
– Att utesluta Taiwan från WHO skadar hälsoarbetet för Taiwans 23,5 miljoner invånare och underminerar försöken att förbättra hälsoläget för alla, sade Hsueh Jui-Yuan och pekade bland annat till coronapandemin.
Förslag finns om att Taiwan skulle kunna medverka i WHO som observatörsland, men Peking motsätter sig alla försök från Taipei att delta i internationella samarbeten.
WHO:s årliga sammankomst inleds på söndagen i Genève.