Polisen grep senare fyra barn, kopplat till en annan händelse. Två av dem tros dock kunna kopplas till händelsen som orsakade polisens stormning av skolan.
Enligt tidningen Bild hade ett av barnen ett leksaksvapen med sig.
Två elever rapporterades ha konfronterat läraren inne i skolbyggnaden, och en av dem uppgavs vara beväpnad med en pistol. Poliser med förstärkningsvapen omringade och tog sig in i skolan, som ligger i stadsdelen Blankenese.
Bilder publicerade av lokala medier visade hur elever hade placerat ett bord framför en klassrumsdörr och staplat böcker under handtaget.
Ett antal elever kunde evakueras från skolan, där polisen sökte efter de misstänkta.