En stor räddningsinsats inleddes, men den blåstes under onsdagen av och sjöräddningen uppger att hoppet är ute att kunna hitta de fyra vid liv.
De saknade var besättningsmän på det brittiskflaggade fartyget Verity, som var på väg från Bremen till Immingham när det kolliderade med det mer än dubbelt så stora fartyget Polesie.
Sju personer arbetade ombord Verity, en har konstaterats död och två kunde räddas.
Kollisionen skedde utanför den tyska ön Helgoland, runt 70 kilometer utanför Tysklands kust, vid femtiden på tisdagsmorgonen.