Felet var att man inte informerade personen bakom kontot innan man vidtog åtgärderna.
Kommentarerna stred mot Facebooks regler om hatiskt innehåll och även det tyska förbudet om hets mot folkgrupp.
Men enligt domstolens beslut var det ändå felaktigt att bara radera kontot utan att ge någon förklaring till vilka kommentarer som brutit mot reglerna och utan någon chans att överklaga beslutet.
"Vi har nolltolerans för hatiska kommentarer och försöker säkerställa att sådant raderas", säger en talesperson för Facebook.
Den aktuella kommentaren som ledde till att kontot raderades innehöll en utläggning om att "islamistiska invandrare kan mörda fritt och undgå straff i Tyskland".
Tyska myndigheter har sedan 2018 skärpta lagar mot hat och hot i sociala medier där man uppmanar Facebook, Twitter och Youtube att radera sådant innehåll.