Protesterna bröt ut på fredagskvällen efter att fyra personer från extremvänstern tidigare i veckan dömts till fängelse för att ha deltagit i en attack mot en nynazist.
Demonstranterna hade satt upp vägspärrar, startat bränder och kastat föremål mot polisen. Den initiala uppskattningen är att 1 500 personer deltog i en protest på ett torg i lördags – men det faktiska antalet var antagligen "betydligt fler", enligt lokala myndigheter.
"Det meningslösa våldet från anarkister från extremvänstern och upprorsmakare är oförsvarligt", säger tyska inrikesministern Nancy Faeser i ett uttalande.
"De som kastar stenar, flaskor och brandbomber mot polisen måste ställas till svars för det."
Omkring 50 poliser rapporteras ha skadats under protesterna. Ett okänt antal demonstranter har också skadats och nära 30 personer har gripits, enligt tysk polis.
En protest har även planerats för söndagen, men den har förbjudits av polis.