Hannes Loth – en 42-årig jordbrukare – vann 51,1 procent av rösterna, enligt valresultatet som publicerades på ortens Facebook-sida.
"Jag kommer att vara borgmästare för alla i Raguhn-Jessnitz", skriver han på social medier.
Tidigare har AFD-medlemmar enbart suttit som frivilliga eller deltidsborgmästare.
AFD-segern kommer samtidigt som partiets popularitet nått rekordnivåer i opinionsmätningarna.
AFD skakade det tyska politiska landskapet när partiet fick 13 procent av rösterna i förbundsdagsvalet 2017, då partiet erhöll 94 mandat. I förbundsdagsvalet 2021 backade partiet till cirka 10 procent.
Partiet klassades 2021 som "misstänkt" extremistiskt av det tyska författningsskyddet 2021, men den åtgärden underkändes senare i en administrativ domstol i Köln. Partiets ungdomsförbund klassas däremot som en "bekräftad" extremistorganisation, vilket ger landets säkerhetstjänst utökade befogenheter för övervakning.