Bland de påverkade turerna finns flighter till Helsingfors, Köpenhamn, Oslo och Stockholm.
Sammanlagt har flygplatsen i normala fall ungefär 300 ankommande och avgående plan varje dag.
Flygplatsen Berlin Brandenburg invigdes 2020 efter många års fördyringar och förseningar, och har ersatt den tyska huvudstadens tidigare flygnav Schönefeld och Tegel.
Fackföreningen Verdi utlöste strejken i hopp om höjda ersättningar för bland annat mark- och säkerhetspersonal. Men hela flygbranschen är hårt pressad av bland annat klimatdebatten och fortsatta efterdyningar av pandemin.