Enligt siffror från valnämnden röstade 53 procent på Kiliçdaroglu och 47 på president Recep Tayyip Erdogan.
Därmed går de som röstade i Stockholm mot den internationella strömmen. Av alla utlandsröster gick sex av tio till Erdogan, enligt nyhetsbyrån Ritzau.
Presidenten hade stort stöd i Mellanöstern och Afrika, men även i länder som Danmark, Tyskland, Österrike och Nederländerna röstade en majoritet för Erdogan.
Totalt fick Recep Tayyip Erdogan 52,1 procent av rösterna och återvaldes som Turkiets president för ytterligare fem år. Kiliçdaroglu fick 47,9 procent.
Enligt Sveriges Radio väntades runt 30 000 personer rösta i Sverige, där den enda vallokalen låg i Stockholm.