Enligt lokala medier är det både tjecker och utländska medborgare som skadats.
Tillståndet beskrivs som allvarligt för åtta av de skadade. Flera personer evakuerades från olycksplatsen med helikopter.
"Alla passagerare har evakuerats från tågen", skriver Tjeckiens nationella järnvägsoperator Sprava Zeleznic på Twitter vid lunchtid.
Olyckan inträffade strax efter klockan 8 på onsdagsmorgonen. Bilder från platsen visar det ena tågets lok intryckt och deformerat.
Landets transportminister Karel Havlícek uppger på Twitter att ett av tågen, ett snabbtåg som färdades från tyska München till Prag, inte hörsammade en stoppsignal och därmed kolliderade med ett regionaltåg som var på väg mellan de tjeckiska städerna Domazlice och Plzen.
"Situationen är allvarlig", uppgav Havlícek på väg till olycksplatsen.
Premiärminister Andrej Babis skickar kondoleanser till de drabbade via Twitter och tillägger att olyckan måste utredas.
Förra året dog tre personer i två olika tågolyckor i landet.