Internationella människorättsgrupper som Rädda Barnen och Human Rights Watch har tidigare sagt att runt 700 pojkar befann sig i det kurdiskt styrda fängelset i staden al-Hasakah i nordöstra Syrien.
"Vi är extremt oroade över att vad som hänt, och var minst 100 av de här pojkarna befinner sig sedan attacken i januari 2022, fortfarande är okänt vilket väcker allvarliga farhågor", säger FN:s människorättsexperter i ett uttalande.
De tillägger att i vissa av fallen kan pojkarna ha tvingats bort.
Attacken mot fängelset utlöste en vecka av strider i och omkring fängelset. Över 100 personer dog innan de kurdiskledda styrkorna tog kontroll över byggnaden.
FN:s experter säger vidare att de barn som fortfarande befinner sig i fängelset måste tillåtas att få humanitär hjälp.
"Många av pojkarna som hålls i fängelset skadades allvarligt under fängelseattacken och deras skador får inte nödvändig medicinsk behandling".