Ursäkten kommer i samband med att anhöriga och tidigare medarbetare samlats för ett sista farväl av exdiktatorn på sista dagen av en fem dagar lång begravningshögtid.
– När vi nu avslutar i dag, skulle jag vilja be om ursäkt å vår familjs vägar till folket som lidit och skadats under min makes tid på presidentposten, säger Lee Soon-Ja.
Chun Doo-Hwan har själv aldrig bett om ursäkt för sina handlingar.
Generalen Chun Doo-Hwan tog makten i Sydkorea genom en militärkupp 1979 då den tidigare diktatorn Park Chung-Hee mördades.
Bland annat slogs protester i staden Kwangju 1980 brutalt ner och över 200 människor konstaterades döda eller rapporterades som saknade, enligt officiella siffror. Aktivister hävdar att talen är tre gånger så höga.
Chun dömdes i augusti 1996 till döden för myteri, förräderi och korruption. Han benådades och släpptes efter två år i fängelse.
Chun Doo-Hwan blev den första sydkoreanska president att på fredlig väg lämna ifrån sig makten.