Så här långt handlar det om 1,2 miljoner barn och antalet väntas stiga när hjälparbetare bereds tillgång till de områden som drabbats allra värst, enligt FN-organet.
Fler än 110 000 människor, varav åtminstone 44 000 barn, tvingades söka skydd på annat håll när ovädret passerade Centralamerikas sju länder. Vägar, sjukhus, skolor och vattenledningar förstördes i dess framfart.
– Nu ökar risken för vattenburna sjukdomar liksom risken för att covid-19 sprids inom skyddsanläggningarna, säger Unicefs regionchef Bernt Aasen.
Enligt FN:s migrationsorgan IOM har totalt 2,5 miljoner människor drabbats av Eta, de flesta av dem i Honduras. IOM larmar för att ännu fler människor kan drivas på flykt till andra länder under en tid framöver.
Guatemalas regering begär att USA tillåter guatemalaner som befinner sig där att stanna tills vidare, som en skyddsåtgärd.
Eta har dragit in över den amerikanska sydstaten Florida och orsakat vissa översvämningar även där, men har mojnat av ju längre norrut den kommit.
Myndigheter i USA befarar att ett nytt oväder håller på att ta form över Karibien, med 80 procents chans att det blir en ny storm lik Eta som drabbar ungefär samma områden.