Den ryska presidenten har isolerat sig sedan i tisdags då de första fallen upptäcktes. Kreml sade då att presidenten är vid god hälsa men att han kommer att arbeta hemifrån. Under torsdagen meddelade Putin att det inte bara rör sig om ett par fall av smittade.
– Smittofall har upptäckts i min inre krets. Inte bara ett par stycken, utan tiotals, sade presidenten under en videokonferens.
Virusspridningen i Kremls maktcentrum sker med bara dagar kvar till parlamentsvalet som avslutas på söndag.
De senaste dagarna har antalet smittade med covid-19 gått ner i Ryssland, från höga nivåer under sommaren. Totalt har landet haft mer än 7 miljoner bekräftade fall och 195 000 dödsfall.
Myndigheterna har haft svårt att nå ut med vaccin till den vaccinskeptiska befolkningen. En oberoende opinionsundersökning visade att en majoritet av den ryska befolkningen inte tänker vaccinera sig, skriver nyhetsbyrån AFP.
Putin själv meddelade i tisdags att han tagit det ryska Sputnik-vaccinet och att han hoppas få se dess skyddseffekter i praktiken.