Frisläppandet kommer efter en intensiv förhandling som pågick under flera dagar.
– Det har varit en påfrestande vecka för alla inblandade, och att äntligen ha fått gisslan tillbaka, välbehållna och i vår säkerhetspersonals förvar, är väldigt viktigt för oss som land, säger Papua Nya Guineas premiärminister James Marape, till AFP.
Enligt Marape ska samtliga tre vara fysiskt oskadda men "uppenbart traumatiserade" efter att ha suttit fångna. Polisen söker nu efter kidnapparna.
Forskargruppen bedrev studier i närheten av Mount Bosavi, en numera utdöd vulkan i ett avlägset beläget område, när de överraskades av beväpnade män. Enligt tidningen The Guardian krävde gruppen som håller forskarna gisslan lösensummor från både Australiens och Papua Nya Guineas regeringar för att släppa fångarna.
Den kidnappade professorn, Bryce Barker, är nyzeeländsk medborgare men är verksam i Australien.
Papua Nya Guineas djungeltäta högland sträcker sig över ett stort område som regeringsstyrkorna har svårt få kontroll över och på senare år våldsamheterna mellan olika stamsamhällen ökat.