Enligt israelisk lag måste de som träffat någon bekräftat smittad sättas i karantän i två veckor. Annars kan påföljden bli saftiga böter eller fängelsestraff.
Det var efter att programmet, som ger säkerhetstjänsten Shin Bet tillgång till telefoner som tillhör personer med bekräftad coronasmitta, uppdaterats i början av juni som de felaktiga meddelandena gick ut, rapporterar The Times of Israel.
Nästan alla samtal till hälsodepartementet om covid-19 den senaste tiden har kommit från människor som vill bestrida karantänordern, och över hälften av de som gjort det har fått rätt, säger Ayelet Grinbaum vid hälsodepartementet, till parlamentet knessets utrikes- och försvarsutskott.
– Vi har godkänt att 54 procent av dem kan lämna sin karantän, närmare 12 000 personer, säger hon.
Uppdateringen av telefonspårningsprogrammet kom i början av juni efter att smittspridningen ökat i landet. Detta trots protester från Shin Bet-chefen Nadav Argaman, som meddelade regeringen att tekniken är tänkt för insatser mot terrorism, och inte för att spåra mängder av israeliska medborgare.