Vattennivåerna har stigit kraftigt, vilket har lett till att lågt belägna vägar har stängts.
Vissa av de mest berömda stränderna längs kusten har spolats bort, bland annat den stora stranden vid turistorten Byron Bay i norra New South Wales.
Australiens vädermyndighet Bureau of Meteorology (Bom) förutspår att regnen kommer att avta sent på tisdagen eller tidigt på onsdagen lokal tid, men varnar för att åskoväder fortfarande kan leda till kraftiga lokala regn som kan leda till översvämningar.
Den australiska sommaren väntas drabbas av väderfenomenet La Niña, som bland annat kan visa sig genom regnoväder som leder till stora skador.
– Vi har fått varningar från väderexperter om att La Niña kommer att påverka sommaren på Australiens östkust så vi behöver vänta oss det oväntade, säger Gladys Berejiklian, delstatspremiärminister i New South Wales till ABC.