Sydkoreas högsta militärledning säger i ett uttalande att de upptäckt en testskjutning från en ubåt i närheten av den nordkoreanska hamnstaden Sinpo under söndagen.
Nordkorea å sin sida säger sig ha avfyrat två.
Landet kommunicerade tidigare via den statliga nyhetsbyrån KCNA att de beslutat vidta "viktiga praktiska" krigsavskräckande åtgärder, med anledning av Sydkorea och USA:s största gemensamma militärövning på fem år.
Sydkorea och USA inleder på måndagen den gemensamma övningen "Freedom Shield" vars fokus är den "förändrade säkerhetsmiljön" till följd av Nordkoreas ökade aggression, uppger länderna.
Övningar såsom den som nu ska genomföras upprör alltid Nordkorea som ser dem som förberedelser för en invasion av landet.