81 barn hålls fortfarande som gisslan, enligt en av förhandlarna.
Omkring 180 elever går på skolan i Kaduna som drivs av en baptistförsamling.
– 28 elever släpptes i morse. Många har flytt tidigare, men 81 är fortfarande gisslan, säger pastor Joseph Hayab.
Myndigheterna i Nigeria lägger skulden för kidnappningarna på vad de kallar "maskerade banditer, ute efter lösesummor". Efter attacken har man stängt skolan, och det är oklart när den öppnar igen.
Masskidnappningar av skolelever är vanliga i Nigeria. Från början låg ofta extremistgrupper bakom, men även andra kriminella grupper har börjat ta skolbarn som gisslan.