Mannen är vid liv, men har ännu inte kunnat identifieras.
Han antas ha smugit sig in vid fraktplanets främre hjul innan planet lyfte från en flygplats i Johannesburg. En flygresa mellan Johannesburg och Amsterdam tar i genomsnitt omkring elva timmar.
– Det är ganska anmärkningsvärt att han fortfarande är vid liv, säger polisens talesperson Joanne Helmonds.
Mannen fördes till sjukhus, men läget med honom beskrivs som stabilt.
Förra året upptäcktes en död nigeriansk man i hjulhuset på ett flygplan som landade i Amsterdam.