Internationella domstolen i Haag (ICJ) och dess ordförande Joan Donoghue förklarade i ett beslut på fredagen att domstolen har rätt att granska anklagelserna om att folkgruppen förföljdes 2017, under det dåvarande demokratiska styret i landet.
Omkring 850 000 personer ur minoritetsbefolkningen bor i flyktingläger, medan 600 000 bor kvar i Myanmars sydvästliga region Rakhine.
Anklagelserna riktades då bland annat mot Myanmars dåvarande informella ledare, nobelpristagaren Aung San Suu Kyi, som förde landets talan i domstolen.
Sedan dess har det demokratiskt valda styret störtats av en militärjunta som förföljer, fängslar och dödar oppositionella. Aung San Suu Kyi har dömts till långa fängelsestraff i summariska rättegångar.
FN-domstolen avslår Myanmars förfrågan om att ogiltigförklara rättsprocessen på tekniska grunder.
Även Internationella brottmålsdomstolen ICC utreder våldsdåd riktade mot folkgruppen rohingya där en majoritet är muslimsk.