Åtgärden syftar till att få stopp på det ökande flödet av papperslösa migranter.
– Med start vid midnatt återinför vi gränskontroller vid gränsen mot Slovakien, säger Polens inrikesminister Mariusz Kaminski till reportrar.
Både där och i Tjeckien väntas kontrollerna till en början pågå under en tiodagarsperiod.
"Antalet migranter som tar sig in i EU på olaglig väg växer igen. Det är en fråga vi tar på allvar", skriver Tjeckiens premiärminister Petr Fiala på X, tidigare Twitter.
Migrantströmmarna till Slovakien från främst Serbien och Ungern ökar. Under årets åtta första månader har 24 500 migranter gripits för att de tagit sig in i landet på olovlig väg. Det kan jämföras med 10 900 gripna under hela fjolåret och färre än 1 000 åren dessförinnan.