Åklagare utreder dödsfallet som ett mord kopplat till hans journalistiska arbete.
Luis Martín Sánchez Iñiguez, 59, var hemma i onsdags kväll då han sist talade med sin fru i telefon. På fredagen anmälde hon honom saknad, med misstanke om att han kidnappats. Hans dator, mobiltelefon och en hårddisk saknades.
Hans kropp uppvisar spår av våld och ett meddelande ska ha lämnats vid platsen, enligt den lokala åklagarmyndigheten.
Mexiko anses vara ett av världens farligaste länder för journalister. Sedan 2000 har fler än 150 journalister mördats i landet, enligt Reportrar utan gränser.