Samtalet rörde det eldupphör som ska träda i kraft på måndagen.
Samtalet bekräftas av de båda presidenternas kanslier. Kreml säger att Putin poängterat att Ukrainas beslut att hålla regionalval 2020 går emot den fredsuppgörelse som slöts i Minsk.
Zelenskyjs kansli sade i sin tur från Kiev att Moskva måste göra mer för att ukrainska medborgare som hålls fängslade i östra Ukraina, Krim, och i Ryssland släpps.
Konflikten i östra Ukraina bröt ut 2014. Ryssland annekterade Krimhalvön och Sevastopol samma år, en annektering som fördöms av omvärlden.