Angreppet var enligt FN "direkt riktat" mot hjälporganisationer verksamma i staden.
"Attacken började i går kväll och vi får fortfarande ny information. Jag är bestört över att höra att flera biståndsorganisationers anläggningar och ett sjukhus enligt uppgift har satts i brand eller skadats", säger FN:s humanitära samordnare Edward Kallon i ett uttalande.
En militärkälla uppger att ett större antal Iswap-krigare intog staden och drev bort soldater från en lokal militärbas. Förstärkningar, däribland stridsflyg, skickades enligt källan till staden för att slå tillbaka angreppet.
Iswap bröt sig ur terrorrörelsen Boko Haram 2016 och har sedan dess genomfört en lång rad dödliga attacker. Det tio år långa islamistiska väpnade upproret i nordöstra Nigeria har krävt minst 36 000 liv och drivit över två miljoner människor på flykt.