Larmsignalen från turistbåten utanför ön Hokkaidos kust hörsammades omedelbart av kustbevakningen. Ombord på fartyget finns bland andra två barn.
Men tio timmar efter larmet hade räddningstjänst och kustbevakning inga spår efter fartyget, och sökandet försvårades av mörkrets inbrott.
Sex räddningsfartyg, fem flygplan och dykare deltar i sökandet, som skulle fortsätta under natten. Förutom väderförhållanden försvåras sökandet av höga vågor.
Enligt larmmeddelandet läckte fartyget Kazu 1. Fartyget hade färdats i vårt väder utanför ön Hokkaidos norra spets, där vattnet är mycket kallt och delvis isigt.
Besättningen larmade om att fartyget tagit in mycket vatten, och att det höll på att sjunka, sade transportminister Tetsuo Saito på en presskonferens sent på lördagen.
Fartyget skulle segla runt halvön Shiretoko, som finns med på Unescos världsarvslista.