"Larmsystemet triggades i området kring Gazaremsan när en raket avfyrades in på israeliskt territorium", skriver israeliska militären i ett uttalande
Raketen oskadliggjordes av luftvärnssystemet "Iron Dome", enligt militären.
Inga människor tycks ha kommit till skada i attacken.
Gazaremsan styrs av den militanta palestinska islamiströrelsen Hamas.
Det är den första raketattacken sedan januari i år, men påskhelgen har varit full av våldsamheter, särskilt kring al-Aqsamoskén på Tempelberget i Jerusalem. Där skadades över 170 människor, främst palestinska demonstranter.
Det spända läget i området förvärras av att den muslimska fastemånaden ramadan och den judiska påsken pesach högtidlighålls samtidigt i dagarna.