Skredet rasade ned från en höjd på Serasan, som är en av de små Natunaöarna vid Borneos västra kust. Flera byggnader har raserats, eller täckts så att endast delar av taken syns.
Hittills har elva döda personer hittats och myndigheterna bedömer att omkring 50 fortfarande saknas.
– Många människor som behöver hjälp har inte kunnat nås eftersom vi fortfarande har svårt att komma fram till de drabbade områdena, säger Abdul Mahari, talesperson för Indonesiens statliga krismyndighet.
Skredet följde efter ett längre skyfall över öarna.
I vanliga fall tar det omkring fem timmar att nå öarna med båt, men vädret uppges göra att det tar väsentligt längre tid.