Bland dem som slutar finns hälsominister Harsh Vardhan och it-minister Ravi Shankar Prasad. Finans-, inrikes-, utrikes- och försvarsministrarna väntas dock sitta kvar.
Regeringsombildningen kommer året innan sju delstater ska hålla val, däribland Gujarat, Punjab och Uttar Pradesh, Indiens mest folkrika delstat, rapporterar AFP.
Hindunationalistiska Modis regering har fått hård kritik för sin hantering av coronapandemin. Indien är det land där näst flest fall i världen konstaterats, 30,7 miljoner enligt den sammanställning som Johns Hopkins University i USA gör. Drygt 404 000 människor har avlidit med covid-19 i jättelandet.
Hälsominister Harsh Vardhan har fått utstå hård kritik för den kraftigt ökade smittspridningen i april och maj, vilket utsatte sjukvården i landet för hård press samtidigt som det saknades sjukhusplatser, syrgas och läkemedel.
Den ökade smittspridningen skylls på nya virusvarianter, men regeringen har även tillåtit religiösa och politiska massmöten bara några månader innan smittspridningen tog fart.