Staden Arkalochori drabbades särskilt hårt av skalvet. En man som arbetade i en kyrka omkom när byggnaden kollapsade och nio till skadades lindrigt, enligt Spiros Georgiou, chef för civilskyddsmyndigheten.
Många vittnar om att folk i skräck sprang ut på gatorna när marken och husen började skaka. Bilder från tv-kanalen ERT visar hur gamla byggnader i Arkalochori och omkringliggande byar rasade samman.
– Det var ett jordskalv som vi inte förutsåg, för närvarande sker efterskalv med magnituden 4,5, säger seismolog Efthymis Lekkas till nyhetsbyrån ANA.
Ministern för civilskydd Christos Stylianides kommer att besöka platsen senare under måndagen, enligt ERT.
Skalvet inträffade centralt på ön, ungefär två mil söder om Heraklion. Den europeiska jordbävningsövervakaren EMSC angav först magnituden 6,5, men sänkte beräkningen efter att ha gått igenom mätningarna.
Ett större jordskalv i Egeiska havet mellan Grekland och Turkiet i oktober 2020 krävde över 100 liv i Turkiet, och två tonåringar omkom på ön Samos i Grekland.