Beskedet kom Johansson med efter ett inrikesministermöte.
Enligt ett dokument som nyhetsbyrån AFP har tagit del av kommer Tyskland att ta emot majoriteten av flyktingarna, 25 000. Nederländerna ska ta emot 3 159, Spanien och Frankrike ska ta emot 2 500 var och andra länder ska ta emot ett mindre antal.
– Jag tycker att det här är en imponerande solidaritetshandling, säger Ylva Johansson.
Enligt bedömningar finns det 85 000 afghaner på flykt i länder nära EU. Filippo Grandi, chef för FN:s flyktingkommissariat UNHCR, uppmanade i oktober unionen att ta emot hälften, 42 500, under de kommande fem åren. Men det motsatte sig då några av de 27 medlemsländerna.