Soldaterna benådades av Malis styrande junta på fredagen, efter att ha dömts till 20 års fängelse vardera. De landade på flygplatsen i staden Abidjan sent på lördagen.
– Nu när den här krisen ligger bakom oss kan vi återuppta normala förbindelser med broderlandet Mali, som behöver oss och som vi också behöver, säger Elfenbenskusten president Alassane Ouattara i ett tal vid flygplatsen.
Domarna spädde på det diplomatiska bråk som ledde till att västafrikanska Ecowas sade att samarbetsorganet skulle införa sanktioner mot Mali om soldaterna inte släpptes.
De berörda soldaterna flögs i juli i fjol till Mali som stöd åt de tyska förband som deltar i FN:s fredsbevarande insats i landet. Men de greps strax efter att ha landat i Malis huvudstad Bamako, stämplades som legosoldater och anklagades för att försöka underminera säkerheten.