Styrkor blockerade tillfartsvägar till Soyapango, polis kontrollerade identitetshandlingar medan insatsgrupper sökte efter misstänkta gängmedlemmar inne i förstaden.
"Från och med nu är Soyapango fullständigt kringgärdat", skrev president Nayib Bukele på sociala medier.
Kriminella gäng idkar bland annat utpressning mot företag och butiksinnehavare, och i vissa områden anses gäng i praktiken ha tagit över samhällskontrollen.
En omfattande insats mot gängkriminalitet inleddes för nio månader sedan efter ett beslut från presidenten. Omkring 58 000 personer har gripits sedan insatsen inleddes i mars.
El Salvadors hårda tag mot misstänkta brottslingar har samtidigt rönt kraftig kritik för bland annat brutalitet och summariska gripanden.