Minst 14 personer har skadats i sammandrabbningarna i fängelset, uppger myndigheten på meddelandetjänsten X, som tidigare hette Twitter.
Ecuador har utlyst nationellt nödläge på grund av oroligheterna och polis och militär försöker återta kontrollen över fängelsekomplexet. Över 2 500 soldater uppges ha stormat fängelseområdet i Guayaquil.
I ett annat fängelse, i staden Cuenca har fångar tagit ett 50-tal fångvaktare som gisslan.
Nödläget i samtliga Ecuadors fängelser innebär att både polis och militär kan kallas in, enligt president Guillermo Lasso, och nödläget ska vara i 60 dagar.
Beslutet följer på ett liknande, men mer begränsat beslut, som togs ett dygn tidigare. Den direkta anledningen då var förutom fängelseupploppen att borgmästaren i staden Manta hade skjutits till döds.
Inrikesminister Juan Zapata sade på tisdagen att säkerhetsstyrkor lyckats återfå kontroll över fängelser i landet, men inga uppgifter fanns om hur många fängelsevakter som släppts efter förhandlingar.
Läget i Ecuadors ofta överfyllda fängelser anses vara mycket allvarligt. Oroligheter, ofta med hög dödlig utgång, inträffar återkommande då medlemmar från rivaliserande knarksyndikat strider mot varandra.
Fängelset i hamnstaden Guayaquil är byggt för att rymma 9 000 fångar, men uppges för närvarande ha över 12 000 fångar.