Beslutet tas sedan en videoinspelning spridits som visar hur sju ungdomar dödades i landets nordliga delar.
– Straffrihet finns inte för brott mot mänskliga rättigheter om brotten kan bevisas, sade regeringens talesperson Jean-Emmanuel Ouédraogo på fredagen.
FN:s högkommissarie för mänskliga rättigheter har sedan tidigare krävt en utredning om händelsen. Nyhetsbyrån AP har dessutom granskat den aktuella videon, som började spridas i januari, och fastslår att säkerhetsstyrkor dödade de sju ungdomarna på en militärbas utanför staden Ouahigouya.
En släkting till ett 16-årigt dödsoffer säger till AP att pojken hade vallat kor när säkerhetsstyrkor grep honom.
Militär tog över makten i Burkina Faso i en statskupp i september, den andra på kort tid, och regimen leds av kapten Ibrahim Traoé som lovat hårda tag på islamistiska extremister.
I ett första svar på uppgifterna om säkerhetsstyrkornas dödande av unga sade regimen att det troligen rörde sig om militanta extremister som klätt sig i militärkläder, något regimen nu backar från.