Bland de som nu frias finns 74 poliser som dömts efter en fängelsemassaker 1992.
I oktober 1992 ägde ett fånguppror rum på fängelset Carandiru i São Paulo. Våldsamheter ledde till att militärpolis stormade fängelset och 111 personer dödades.
Åklagare har hävdat att fångarna avrättades medan försvaret sagt att militärpolisen agerade i självförsvar. Carandiru-fängelset stängdes efter händelsen.
Även om poliserna ställdes inför rätta och dömdes, har de hittills levt fritt tack vare flera överklaganden, enligt brasiliansk press.
Bolsonaro har bara nio dagar kvar på presidentposten då Luiz Inácio Lula da Silva segrade i presidentvalet i oktober.