Fiskebåten var på väg till Malaysia men sjönk sjönk utanför Cox's Bazar i sydöstra Bangladesh, hemvist för många rohingyer, den muslimska minoritet som utsatts för förföljelse i grannlandet Myanmar.
Minst tre döda har sköljts i land vid kuststaden Halbunia, enligt polisen.
– Vi hittade kropparna. Det är tre unga rohingyakvinnor i åldern 18–20, säger polisinspektören Nur Mohammad.
Enligt en talesperson för kustbevakningen har 45 personer räddats, av dem 41 rohingyaflyktingar och fyra bangladeshier. Minst 65 personer tros ha färdats i båten, som hade plockat upp passagerare från flera kuststäder.