Brotten männen anklagats för är bland annat äktenskapsbrott och stöld.
Piskrappen delades ut på en idrottsarena i staden Lashkar Gah, uppger talespersonen.
Enligt uppgifterna fick varje man mellan 35 och 39 piskrapp och i publiken fanns talibanföreträdare, religiösa företrädare, äldste och lokalbefolkning.
Talibanerna, som tog över makten i landet i augusti i fjol, har infört nya hårdföra regler som speglar deras tolkning av islamisk lag.
Förra veckan meddelade talibanernas myndigheter att en afghan avrättats för mord, den första offentliga avrättningen sedan maktövertagandet i augusti i fjol.