Hon kommer inte att kandidera när partiets kongress hålls i vår, skriver partiet i ett pressmeddelande.
Subhi har under sina år som partiledare samtidigt arbetat heltid som lärare och även varit ledamot i Göteborgs kommunfullmäktige. Nyligen födde Teysir Subhi sitt andra barn, och hon avgår för att få mer tid för familjen.
"Jag är stolt över att Feministiskt initiativ under mina två år som partiledare har förtydligat partiets position som ett progressivt, antikapitalistiskt vänsterparti och att partiet har stärkts i vår ideologiska inriktning", skriver hon.
I valet i höstas tappade partiet sina mandat i alla utom tre av landets kommuner. I riksdagsvalet fick partiet 0,05 procent av rösterna.