Direktiven gällde enligt mejlet de fall där journalister ställer frågor om budgetens följder för utsläppen av växthusgaser.
"Vi kan däremot hänvisa till klimatbilagan i budgetpropositionen där regeringen själv har gjort beräkningar”, skriver en enhetschef i mejlet.
Anställda som Di pratat med beskriver myndighetens ledning som ängslig, vilket blivit tydligare efter valet.
– Det ska inte uppfattas som att myndigheten driver politiska frågor, säger en person till tidningen.
Generaldirektör Björn Risinger bekräftar för Di att man diskuterat hur man ska förhålla sig till vissa frågor, men han nekar till att det handlar om att sätta munkavle på anställda.
– Det låter egendomligt att kalla det ett beslut. Det är väl precis som vi skriver på vår hemsida, att vi som myndighet inte har gjort någon samlad bedömning av regeringens beslut om styrmedelsförändringar.