"Tack till alla inblandade, ett mycket komplicerat uppdrag", skriver Australiens utrikesminister Marise Payne på Twitter.
Nu väntar sjukhusvistelse för de som är sjuka och 14 dagar i karantän på ett hotell för de som inte har några symtom på covid-19.
I över två veckor låg det australiska fartyget Greg Mortimer utanför kusten vid Uruguays huvudstad Montevideo, medan covid-19 spreds ombord. Minst 128 av de 217, mestadels äldre, turisterna testade positivt för coronaviruset och fartyget stoppades från att lägga till i hamnen.
Efter förhandlingar med passagerarnas hemländer kunde fartyget under lördagen till slut lägga till i Montevideo och omkring 110 australiska och nyzeeländska resenärer sattes omedelbart på ett flygplan mot Australien.
Kvar på kryssningsfartyget i Uruguay finns fortfarande amerikaner, britter, jamaicaner och människor från olika europeiska länder, enligt Uruguays utrikesdepartement. Förhandlingar med deras respektive hemländer pågår.
I Australien väntas ytterligare 1 200 resenärer landa under söndagen med evakueringsplan från Indien och Peru.