Avgången beskrivs som en "värdig pensionering" av Thabane. Premiärministern har pressats hårt att lämna sin post eftersom han och hans fru misstänks för att vara inblandade i mordet på hans tidigare fru, 58-åriga Lipolelo Thabane, i juni 2017.
Mordet inträffade två dagar innan Thomas Thabane svors in som premiärminister. Polisen misstänker Thomas Thabane eftersom premiärministerns telefonnummer återfinns i dokumenterad kommunikation från platsen där den tidigare hustrun mördades.
Sydafrikanska medlare har försökt lösa krisen sedan i söndags. Dagen innan dess satte Thabane in militär för att "återupprätta ordningen" i landet.