– Eftersom jag har kommit fram till att en situation som riskerar att påverka människors liv och ekonomin har uppstått, utlyser jag ett nödläge, säger premiärministern.
Dessutom läggs ett stimulanspaket för att mildra de ekonomiska följderna av smittan.
Abe meddelade sina planer redan på måndagen och hänvisade då till "snabba ökningar av nya fall, speciellt i urbana områden som Tokyo och Osaka".
Nödläget väntas gälla från midnatt och inledningsvis en månad framåt. Det kommer att ge regionernas guvernörer möjlighet att uppmana människor att stanna hemma och företag att stänga. De kan dessutom be företag som driver evenemangslokaler där många människor samlas, och varuhus, att stänga igen.
Det motsvarar dock inte den sorts stängning som setts på många håll i Europa och USA. Den som inte hörsammar uppmaningarna kan inte straffas men de allra flesta människor och företag väntar ändå följa de nya riktlinjer som kan meddelas.
Det nya nödläget gäller områden där viruset enligt experter sprider sig snabbt och riskerar att överbelasta vården. Förutom Tokyo omfattas regionerna Chiba, Kanagawa, Saitama, Osaka, Hyogo och Fukuoka.
Sammanlagt påverkas runt 44 procent av Japans befolkning.