Ytterligare 631 döda har hämtats från sjukhus, vars bårhus är fulla, enligt Jorge Wated som leder en grupp poliser och militärer som arbetar med att hantera de följder viruset fört med sig. Han uppger inte dödsorsaker för de hundratals offren.
Bårhusen har inte hunnit med att hantera alla döda och invånare har publicerat videor på sociala medier där övergivna kroppar syns på gatorna.
7 500 fall av coronaviruset har rapporterats i Ecuador sedan det första fallet bekräftades i slutet av februari. Mer än 70 procent av fallen har enligt regeringen konstaterats i kustprovinsen Guayas där Guayaquil ligger.
Militären och polisen inledde arbetet med att hämta kroppar från bostäder tre veckor efter att bårhusverksamheten i Guayaquil rasade samman.