Omkring 250 personer plundrade och satte eld på det tomma hotellet, uppger vittnen.
– Min far som är gammal och som bor nära hotellet har inte sovit på två dygn på grund av rädsla, säger en kvinna till AFP.
Den grekiska regeringen har lovat att flytta över 2 000 asylsökande till fastlandet för att minska trycket på lägren på de grekiska öarna. Men lokalbefolkningar har protesterat på flera håll i Grekland.
De personer som skulle ha flyttats till Árnissa från flyktinglägret Mória på ön Lesbos har tidigare hindrats från att flyttas till en annan by i norra Grekland.
Regeringens talesperson Stelios Petsas säger att de som protesterar har fått felaktig information om att migranterna skulle kunna sprida coronaviruset.
– Alla har inte förstått att vi har vidtagit mycket specifika åtgärder sedan början av hälsokrisen, säger han.
Borgmästaren i staden Édessa, också den i norra Grekland, ifrågasatte beslutet att flytta migranter under pågående coronapandemi kort före hotellattacken.
"Nu när vi är försiktiga med anledning av coronavirusspridningen … så beslutar de att flytta migranter", skriver Édessaborgmästaren Dimitris Yannou på Facebook.
Migranterna på Lesbos fördes till slut i hemlighet till ett hotell nära Thessaloniki av FN:s internationella migrationsorganisation IOM.
– Dessa människor förblir i karantän i 14 dagar som föreskrivs, säger en IOM-representant.